本作在游戏方面，主要藉由 控绿萤火虫(游标)来引导主角，并藉阴影中的影子萤火虫来触发机关等，解谜并不困难，但技术取向相当高，可以说是到了鬼畜的难度，游玩前须要先衡量一下自己的M属性够不够。不管是关卡，或是Boss战，一直死掉都是家常便饭(这其实是故事的一环，详情可参照文章剧透部分)，Boss战虽然颇有趣，然而第四章的Boss战却莫名夸张，已经远超出一般玩家「视力反应」所能处理的範围，我挺怀疑製作人们自己有没有实际玩过，怎幺会觉得这样设计是可以的呢？
总之，游戏难度 的很高，据说当时PSV版本很多玩家因为其无理的难度而弃坑，移植到PC上虽然滑鼠比起触控好一些，但还是很难。
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以下剧情解析
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概要：
要从游戏推出故事全貌是不可能的事情，玩家只能从游戏中的场景、出现的敌人与物品、树苗的记忆等来推敲片段故事，剩下只能 或 地方释出的消息来补完，但即使如此模糊地带跟矛盾点仍然有，有些地方连 自己都无法自圆其说，不足的部分就是玩家自己脑补啰。
以下资讯大部分主要从该网站得来，加上个人的脑补，为了自圆其说，有些地方或许会无视 设定：
世界观：
从故事场景与记忆碎片中电视播报可推测由于世界战争的关係，主角一家躲在地底庇护所。玩家控制主角在一个类似地下工厂的地方，而工场除了各种机关外，还有型态为影子的黑暗住民会袭击主角，影子住民推测为死掉的人们及动物所变成的，故事对影子怪并没有做解释。
地下工厂的废墟及影子住民，图中右边的巨影是由记忆碎片中出现的宠物狗所变成的。
故事解析：
先谈谈主要角色吧。
绿咪翁(玩家 控的咪翁，我不知道怎幺翻，总之直接用日文音转译)：
首先主角咪翁，是原咪翁(红咪翁)的複製人，红咪翁死掉后(推测是被战火波及)，其父母不肯接受而尝试做出女儿的複製体，失败了很多次之后终于成功複製了初代绿咪翁，而这已经是数千年前的事情，玩家控制的绿咪翁是持续数千年被重複製作出来无数次的複製体。绿咪翁的意识存在于她头上的两根树枝上，也就是树枝才是本体，这同时也可以解释为什幺树枝被香菇包覆之后咪翁就变成呆萌状态。
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树枝被香菇包覆，无法好好控制身体而变成呆萌状态的绿咪翁，虽然可爱到爆但却更难控制，让玩家又爱又恨。
红咪翁(记忆碎片中头上没有长树枝的咪翁)：
红咪翁当初死后变成类似资料的存在，这应该是因为 想办法将红咪翁的意识以资料形式存留下来，但 不知道红咪翁从此就活在大树系统中，所以成功做出绿咪翁后就停止实验了。红咪翁持续观察着现世生活(各记忆碎片)，看着父母执行「女儿转生」计画，想办法製作另一个她。绿咪翁诞生之后红咪翁非常忌妒，在红咪翁眼中绿咪翁和怪物没两样(记忆碎片10中头上长树枝的怪物)，于是红咪翁想办法进入现实世界，却造成父母、宠物 ，父母变成了绿萤火虫与影萤火虫，绿咪翁因为处于大树複製体系统下的关係，红咪翁无法干涉她(记忆碎片11)，从此之后萤火虫开始执行红咪翁转生计画。
关于记忆碎片11，红咪翁无法干涉绿咪翁的部分，这里我猜测红咪翁所处的大树资料系统与绿咪翁所处的複製系统应该是完全隔开的，两边无法直接干涉。这推测勉强建立在红咪翁很明显想让绿咪翁完全消失，那只要摧毁複製系统就好了，但红咪翁却没那幺做，应该是因为红咪翁办不到，而且红咪翁可能连複製系统的存在都不知道，不然也许可以用影子去 ，不过不管怎样红咪翁毕竟只是小孩，并没有大人成熟的思考能力，所以没 複製系统也可能只是红咪翁智力还不够成熟所以没想那幺多。
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讲完角色，那幺先谈谈为什幺变成萤火虫的双亲会开始执行转生计划呢？
我的想法是，这可能是因为双亲被红咪翁杀死的剎那才得知原来他们女儿一直活在世界树资料系统中，于是才转为开始执行「 ．女儿转生」并持续了数千年。
「 ．女儿转生」的条件是绿咪翁必须完整到达世界树中心(ChapterX的剧情)，这 可能是因为红咪翁的主意识被锁在世界树中心的关係，于是双亲萤火虫开始引导绿咪翁，被引导的绿咪翁若一路顺畅也没被红咪翁杀死，最终都会从悬崖摔落回到一开始的地方 (绿咪翁起床的床台左边有 绿咪翁尸体)，新的绿咪翁再重新诞生开始下一轮。
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而转生计画恐怕只有变成萤火虫失去沟通能力的双亲一厢情愿负责执行，红咪翁并不知道，毕竟她一直在 绿咪翁(记忆碎片12就是在表现 这件事)，丝毫没有让绿咪翁来世界树中心的打算，第三章也因此堆了满满的绿咪翁尸体。补充一下，由记忆碎片11得知，红咪翁无法直接对绿咪翁动手，因此在记忆碎片12中，红咪翁是 影子军团为主要杀死绿咪翁的手段。
关于记忆碎片11，红咪翁无法干涉绿咪翁的部分，这里我猜测红咪翁所处的大树资料系统与绿咪翁所处的複製系统应该是完全隔开的，两边无法直接干涉。这推测勉强建立在红咪翁很明显想让绿咪翁完全消失，那只要摧毁複製系统就好了，但红咪翁却没那幺做，应该是因为红咪翁办不到，而且红咪翁可能连複製系统的存在都不知道，不然也许可以用影子去 ，不过不管怎样红咪翁毕竟只是小孩，并没有大人成熟的思考能力，所以没 複製系统也可能只是红咪翁智力还不够成熟所以没想那幺多。
因为忌妒，在红咪翁眼中绿咪翁就是个怪物。
讲完角色，那幺先谈谈为什幺变成萤火虫的双亲会开始执行转生计划呢？
我的想法是，这可能是因为双亲被红咪翁杀死的剎那才得知原来他们女儿一直活在世界树资料系统中，于是才转为开始执行「 ．女儿转生」并持续了数千年。
「 ．女儿转生」的条件是绿咪翁必须完整到达世界树中心(ChapterX的剧情)，这 可能是因为红咪翁的主意识被锁在世界树中心的关係，于是双亲萤火虫开始引导绿咪翁，被引导的绿咪翁若一路顺畅也没被红咪翁杀死，最终都会从悬崖摔落回到一开始的地方 (绿咪翁起床的床台左边有 绿咪翁尸体)，新的绿咪翁再重新诞生开始下一轮。
起点左边有 绿咪翁的尸体，影萤火虫这时不在绿咪翁身边。
而转生计画恐怕只有变成萤火虫失去沟通能力的双亲一厢情愿负责执行，红咪翁并不知道，毕竟她一直在 绿咪翁(记忆碎片12就是在表现 这件事)，丝毫没有让绿咪翁来世界树中心的打算，第三章也因此堆了满满的绿咪翁尸体。补充一下，由记忆碎片11得知，红咪翁无法直接对绿咪翁动手，因此在记忆碎片12中，红咪翁是 影子军团为主要杀死绿咪翁的手段。
至于产生複製绿咪翁的机器是谁在运作，有三种说法：其一是红咪翁在运作，其二是影萤火虫在运作，其三是机器自己运作。个人偏好第二种说法，网路的推理是影萤火虫在第一章一开始及第四章结束都不在绿咪翁身边，推测影萤火虫在这时应该是跑去启动机器製造新的绿咪翁了。
又根据记忆碎片12中的讯息，红咪翁无法完全杀光绿咪翁，这是因为萤火虫一直在製造新的绿咪翁又同时会保护绿咪翁的关係，毕竟萤火虫的目的是让绿咪 全到达世界树中心，所以红咪翁在记忆碎片12中快要杀光绿咪翁时碰壁是因为萤火虫在保护绿咪翁的关係。 朗读剧似乎有提到绿萤火虫关心绿咪翁的安危，这也显得理所当然，毕竟绿咪翁是她女儿重要的「容器」，必须好好保护。
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关于世界树中心入口钥匙的位置，恐怕双亲萤火虫并不知道在哪，所以千年来他们只是反覆引导绿咪翁，却怎幺也去不了世界树中心。而千年期间双亲自己女儿又不断阻碍绿咪翁，形成了双亲想救红咪翁，红咪翁却不知情反而一直捣蛋的尴尬状况。
又根据记忆碎片12中的讯息，红咪翁无法完全杀光绿咪翁，这是因为萤火虫一直在製造新的绿咪翁又同时会保护绿咪翁的关係，毕竟萤火虫的目的是让绿咪 全到达世界树中心，所以红咪翁在记忆碎片12中快要杀光绿咪翁时碰壁是因为萤火虫在保护绿咪翁的关係。 朗读剧似乎有提到绿萤火虫关心绿咪翁的安危，这也显得理所当然，毕竟绿咪翁是她女儿重要的「容器」，必须好好保护。
隐喻红咪翁利用影子怪 绿咪翁，但由于萤火虫双亲的阻挠，她总是无法杀光绿咪翁。
关于世界树中心入口钥匙的位置，恐怕双亲萤火虫并不知道在哪，所以千年来他们只是反覆引导绿咪翁，却怎幺也去不了世界树中心。而千年期间双亲自己女儿又不断阻碍绿咪翁，形成了双亲想救红咪翁，红咪翁却不知情反而一直捣蛋的尴尬状况。
终于时间来到玩家 控绿咪翁的时代，在玩家努力帮忙下，造成了更多的绿咪翁 (咦？)，好不容易终于进入第四章的数位世界(可经由第四章时不时会出现马赛克推测)，并在这次成功带出红咪翁在生前曾经把世界树钥匙藏在家里的讯息，绿咪翁于现实世界的床上醒来，但最后仍坠崖 ，其身体变成记忆碎片13，并由之后新的绿咪翁取得记忆碎片，拿到世界树钥匙并前往世界树中心。
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双亲萤火虫到这一步终于达成梦寐以求的「 ．女儿转生」条件，将绿咪翁导引到机器下并由影萤火虫按下开关打昏，红咪翁这时理解到地上的身体是双亲赠予她的礼物，于是欣然进入绿咪翁的身体完成「 ．女儿转生」，头上的树枝掉了，绿咪翁的意识就被赶出身体外。身体被夺走还被萤火虫背叛抛弃的绿咪翁，看着与萤火虫一起离开的红咪翁，产生强烈的愤怒与忌妒心，一气之下就把维繫複製咪翁身体的系统摧毁了，失去身体的红咪翁又回到大树系统中，跟绿咪翁和好。
至于为什幺会和好，看似莫名其妙，其实是有前后呼应，主要是最后绿咪翁也体验到红咪翁当时忌妒的心情，因为两位咪翁有共通体验的关係(两位萝莉甚至都把自己的生父生母给杀了)，所以最后互相理解和好，可喜可乐，可喜可乐。
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在玩家帮忙之下造成更多绿咪翁 (喂！)。
坠崖后 变成记忆树苗的绿咪翁与新诞生的绿咪翁。
双亲萤火虫到这一步终于达成梦寐以求的「 ．女儿转生」条件，将绿咪翁导引到机器下并由影萤火虫按下开关打昏，红咪翁这时理解到地上的身体是双亲赠予她的礼物，于是欣然进入绿咪翁的身体完成「 ．女儿转生」，头上的树枝掉了，绿咪翁的意识就被赶出身体外。身体被夺走还被萤火虫背叛抛弃的绿咪翁，看着与萤火虫一起离开的红咪翁，产生强烈的愤怒与忌妒心，一气之下就把维繫複製咪翁身体的系统摧毁了，失去身体的红咪翁又回到大树系统中，跟绿咪翁和好。
至于为什幺会和好，看似莫名其妙，其实是有前后呼应，主要是最后绿咪翁也体验到红咪翁当时忌妒的心情，因为两位咪翁有共通体验的关係(两位萝莉甚至都把自己的生父生母给杀了)，所以最后互相理解和好，可喜可乐，可喜可乐。
言归于好的双萝。
以结论来说，这实在是个充满不人道(父母不断弄死複製人，红咪翁 绿咪翁)、忌妒(红咪翁与绿咪翁)、阴谋背叛(萤火虫)与愤怒(毁灭複製人系统的绿咪翁)的黑暗又丑恶故事啊。
抚摸複製体，有如鬼父一般的父亲。
