1、科尔从木卫二所发生的事件当中获得了启示，他个人认为通过实验是无法完成进化，进化是自然选择的。为此他召开了木卫四协议，把马勒的研究放了出去，导致了黑铁监狱人员全部感染了病毒，最终获得了一个原型体法里斯。

　　2、最后的结局是雅格布与法里斯展开战斗并且将其打倒，使用合成的解毒剂，把即将感染的达妮救了下来。随即黑铁监狱启动了自毁的程序，两个人在逃离的时候只发现了一个救生舱，雅各布将救生舱让给了达妮。

　　3、黑铁监狱即将爆炸的时候，雅格布收到了马勒发给他的信息，他想要逃出监狱，并且将背后隐藏的真相揭露出来，而这必须要寻找到马勒医生，随即游戏结束。